Le 29 avril 2005, un règlement du Gouvernement en Conseil a institué auprès du ministre ayant dans ses attributions la santé et la sécurité sociale, un Conseil scientifique.
Cette décision du Gouvernement donnait suite à une proposition de la réunion du Comité quadripartite du 13 octobre 2004 afin de s’engager dans une démarche de bonne pratique médicale « evidence based medicine ».
La loi du 17 décembre 2010 portant réforme du système de soins de santé assure dans le nouvel article 65bis, paragraphe 2 du Code de la sécurité sociale, une base légale au Conseil scientifique.
Le règlement grand-ducal du 26 octobre 2011 en fixe le cadre.